Organizacija veiklą prasidėjo vykdyti 1988–1989 metais, kai Kauno medicinos instituto studentų iniciatyvinė grupė, siekė atgaivinti tarpukario Lietuvoje veikusios studentų medikų organizacijos "Patria" veiklą. Iniciatyvūs studentai norėjo pasiruošti gydytojo darbui, grįstam krikščioniškomis ir humanistinėmis nuostatomis. Jaunuoliai nenorėjo apsiriboti vien teorinėmis žiniomis, todėl ėmėsi praktinės veiklos, t.y. pradėjo rūpintis senais vienišais žmonėmis – lankyti juos namuose, vežti karštus pietus, aprūpinti labdara gaunamais medikamentais.
Pamažu vis daugiau aktyvių jaunų žmonių ne tik iš Medicinos instituto, bet ir iš mokyklų, o vėliau ir katalikiškų grupelių aplinkos, įsitraukė į vykdomą veiklą. Iniciatyvą palaikė vietos ir užsienio rėmėjai, užsimezgė pirmieji kontaktai su jaunimo pastoracijos tarnybomis iš Dresden-Maisen ir Kelno vyskupijų Vokietijoje. 1991 metais balandžio 16 dieną Teisingumo ministerijoje buvo oficialiai įregistruota jaunimo organizacija „Actio Catholica Patria“.
Partnerystės su organizacijomis Vokietijoje dėka buvo gaunama ne tik finansinė parama senų vienišų žmonių globai, bet ir susipažįstama su jaunimo veikla. Darbą su senais žmonėmis daugiausia vykdė jauni savanoriai, todėl buvo imta galvoti, kaip motyvuoti ir palaikyti savanoriaujantį jaunimą. Ieškant darbo su savanoriais formos, partneriai iš Vokietijos pasiūlė susipažinti su Vokietijos katalikiško jaunimo sąjungos (sutrumpintai – BDKJ) įgyvendinama „Jaunimo socialinių metų programa“ ir pabandyti ją įgyvendinti Lietuvoje. Su praktinės veiklos ir ugdymo programa bei ją įgyvendinti atvykusia profesionalia jaunimo darbuotoja Andrea Mewaldt, pradedamas sisteminis jaunimo politikos, jaunimo veiklos ir jaunimo neformalus ugdymas Lietuvoje.
„Jaunimo socialinių metų programos“ savanoriai globojo ne tik A.C.Patria prižiūrimus senus žmones, tačiau dirbo ir kitose socialinėse įstaigose Kaune. Taip pat jiems buvo rengiami patirties aptarimo ir saviugdos seminarai. Tokiam ugdomajam darbui reikėjo tinkamos aplinkos, kurią su partnerių iš Vokietijos pagalba ėmėsi kurti pati organizacija. 1994 metais pradėjo veikti „Jaunimo namai“ Kulautuvoje, kuriuose keletui dienų galėjo apsigyventi 28 žmonės: gaminti maistą, naudotis darbui grupėse skirtomis patalpomis. Tai buvo pirmoji jaunimo neformaliam ugdymui skirta institucija Lietuvoje.
1993 metais A.C.Patria atsiliepė į vyskupo S. Tamkevičiaus kvietimą bendradarbiauti kuriant Evangelizacijos centrą, kuris koordinuotų Kauno arkivyskupijoje veikiančių katalikiškų organizacijų ir judėjimų veiklą. Po diskusijų ir pirmųjų konkrečios veiklos bandymų, kuriuose aktyviai dalyvavo A.C.Patria atstovas Arūnas Kučikas, buvo apsispręstą susitelkti ties jaunimo ugdymu ir stiprinti jaunimo pastoraciją bei katalikišką jaunimo veiklą. Ilgainiui atsiradęs Kauno arkivyskupijos jaunimo centras – pradžia panašių centrų kūrimui kitose vyskupijose, o svarbiausia, sisteminiam požiūriui į jaunimo pastoraciją ir katalikišką jaunimo veiklą.
A.C.Patria buvo viena pirmųjų Kaune socialinės pagalbos srityje veikusių organizacijų, tad imta ieškoti bendradarbiavimo su kitomis socialinėmis organizacijomis, savivaldybės atsakingomis institucijomis. Vokietijoje matytą skėtinių organizacijų ir valdžios bendradarbiavimo modelį pasitaikė proga įgyvendinti tuomet, kai Kauno savivaldybė įsitraukė į tarptautinį socialinės politikos tobulinimo projektą. Projektą koordinavę ir savo patirtį pristatę socialinės politikos ir socialinio darbo profesionalai iš Kento grafystės, Jungtinė Karalystė, rekomendavo Kaune veikiančioms socialinėms organizacijoms susitelkti ir sukurti aiškią bendradarbiavimo struktūrą tarpusavyje ir su savivaldybe. Taip 1996 metais susikūrė Kauno socialinių nevyriausybinių organizacijų sąjunga (KSNOS), kurios pirmininke tapo, viena iš A.C.Patria organizacijos vadovų – Lina Stankevičienė.
Panašios bendradarbiavimo struktūros sukūrimą A.C.Patria, pasitelkusi partnerius bei konsultantus iš Vokietijos, inicijavo jaunimo organizacijų erdvėje, nors sutelkti Kauno jaunimo organizacijas buvo bandyta ir anksčiau (bet nesėkmingai). 1996 metais įkurta Kauno jaunimo organizacijų sąjunga „Apskritasis stalas“, kuriai vadovavimas buvo patikėtas A.C.Patria pirmininkui Arūnui Kučikui. „Apskritojo stalo“ įkūrimas Kauno mieste davė postūmį panašioms organizacijoms kitose Lietuvos savivaldybėse.
A.C.Patria dirbusiems žmonėms rūpėjo ne tik jaunimo ir socialiniai reikalai, kuriuose organizacija veikė, tačiau ir viso nevyriausybinio sektoriaus plėtra. Siekiant paskatinti nevyriausybinių organizacijų kūrimąsi Kauno mieste, sustiprinti įvairių jau veikiančių NVO gebėjimus, jų tarpusavio bendradarbiavimą ir bendradarbiavimą su savivaldybe bei pelno sektoriumi, 1998 metais buvo įkurtas Kauno nevyriausybinių organizacijų paramos centras (toliau - KNOPC), kurio steigėju tapo socialinėje ir jaunimo srityje veikiančios skėtinės organizacijos KSNOS ir AS. Keletą metų KNOPC aktyviai veikė ne tik Kauno mieste, bet ir Kauno regione bei nacionaliniame lygmenyje.
Kuriant ir plėtojant NVO atstovavimo struktūras Kauno mieste buvo tęsiamas socialinių paslaugų teikimas žmonėms, vykdomos jaunimo neformalaus ugdymo programos. 1996 metais buvo sukurta socialinė programa moksleiviams „Įšok į ratus“, kuri vykdyta iki 2004 metų. Šios programos tikslas buvo sudaryti sąlygas moksleiviams susipažinti su savanoriška socialine veikla, vežant karštus pietus vienišiems, skurdžiai gyvenantiems seneliams, kuriais rūpinosi A.C.Patria socialinė tarnyba. Kiekvienais metais šioje programoje sudalyvaudavo 200–250 moksleivių iš skirtingų Kauno miesto mokyklų.
Nepakankamas finansavimas ir sunkumai derinant skirtingas tikslines grupes vienoje organizacijoje, 2003 metais lėmė paramos socialinių paslaugų seniems vienišiems žmonėms nutraukimą. Organizacijoje liko tik viena tikslinė grupė – jaunimas. Jaunimo neformalaus ugdymo pagalba buvo siekiama sudaryti sąlygas jaunų žmonių asmeninių, socialinių ir profesinių kompetencijų ugdymui. Priemone šioms kompetencijoms ugdyti buvo pasirinktas savanoriškas darbas ir tarpkultūrinis mokymasis. Todėl nuo 2004 metų buvo stiprinami ir plėtojami Europos savanorių tarnybos projektai, ieškoma trumpalaikės savanoriškos veiklos formų moksleivių programai „Įšok į ratus“ pakeisti, rengiamos tarptautinės partnerystės ir dalyvaujama jaunimo tarptautiniuose mainuose. Aktyviam, sunkumus išgyvenančiam ir neorganizuotam jaunimui savanoriška veikla nebuvo patraukli ir tinkama forma. Todėl buvo pradėta ieškoti kitų darbo su jaunimu formų. Viena iš tinkamiausių pasirodė Lietuvoje visiškai nauja „Atviro darbo“ su jaunimu idėja. 2006 metais sutelkus organizacijos resursus buvo nuspręsta įkurti atvirą jaunimo centrą „Vartai“.
Šiame organizacijos raidos etape labai aiškiai supratome, jog neįmanoma užtikrinti vykdomų veiklų tęstinumo ir kokybės, kuomet jas organizuoja ir įgyvendina vien tik savanoriai. Tad buvo dedama daug pastangų, siekiant sukurti ir išlaikyti darbo vietas profesionaliems darbuotojams. Perėjimas nuo savanorių prie apmokamų darbuotojų buvo didelis iššūkis visai organizacijai – teko peržiūrėti organizacijos struktūrą: pareigybes, vidinę komunikaciją, sprendimų priėmimą, veiklų organizavimo tvarką.
Išplėtojus A.C.Patria veiklą ir teikiamas paslaugas tapo akivaizdu, jog organizacijos pagrindinis tikslas ne pritraukti kuo daugiau jaunų žmonių į narius ir organizuoti jiems veiklas, bet teikti paslaugas, skirtas kiekvienam jaunam žmogui. Todėl 2007 metais kovo 15 dieną visuotinis narių susirinkimas priėmė sprendimą Jaunimo organizaciją „Actio Catholica Patria“ pertvarkyti į to paties pavadinimo viešąją įstaigą.